Aquila
L'aquila si trova ad avere valenza soprattutto simbolica essendo raffigurata sempre in senso allusivo. Allude all'evangelista Giovanni e al Cristo nell'Ascensione nei sei tetramorfi esistenti in basilica.
"Christus avis ascendendo" scrisse Pietro da Capua, nel secolo XIII, seguendo l'allegorismo cristologico già di San Girolamo e dello pseudo-Melitone di Sardi. Allude certamente al regnante e Fondatore della Basilica Gregorio IX la sua raffigurazione lapidea sulla facciata e all'interno della chiesa superiore; la dedica al Pontefice (e a Federico II, "potentissimo Cesare") della celebre campana nella torre campanaria del Santuario, datata 1239, conferma tale lettura in senso araldico: nel suo stemma dei Conti di Segni vi è solo un'aquila dalle ali spiegate.
Nel nostro contesto religioso, per la maestosità del suo volo che ne fa un volatile sovrano e nobile, essa assume tono di augurio rivolto al Pontefice, secondo quello biblico:
Ha molte volte semplice scopo decorativo la raffigurazione dell'aquila come elemento acroterico di edifici, religiosi e civili, nella scenografia del dipinto. Verrebbe la tentazione di giudicare inopportuna sulla facciata della chiesa dedicata al Poverello la doppia raffigurazione del volatile nobile e imperiale. Invece, l'immagine fu già applicata a Francesco stesso ancora in vita da un dotto domenicano di Siena allorché questi paragonò la teologia del Poverello, "attinta a purità e contemplazione, ad un aquila che vola". Non può non venire in mente l'evangelista Giovanni, contrassegnato iconograficamente dall'aquila per il taglio mistico e altamente teologico del suo racconto evangelico. Giovanni era l'evangelista preferito di Francesco!